Katholische Missionare gehörten in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts zu den ersten Europäern, die sich in Uganda niederließen. Allerdings stießen sie bei den einheimischen Königen oft auf Ablehnung und Feindseligkeit. 22 katholisch gewordene Konvertiten wurden zwischen 1885 und 1887 ermordet und 1964 von Papst Paul VI. seliggesprochen. Papst Franziskus besuchte 2015 das Heiligtum von Namugongo für die “Märtyrer von Uganda”.
Nach Errichtung eines britischen Protektorats 1894 verbesserten sich die Missionsbedingungen für die Kirche. Als erster Schwarzafrikaner der Neuzeit erhielt Joseph Kiwanuka 1939 die Bischofsweihe. Heute sind laut Vatikan-Angaben 47 Prozent der Ugander katholisch; einer der höchsten Katholikenanteile im südlichen Afrika.