Schon sehr früh berufen sich die aufständischen Bauern 1524/1525 auf die Ideen der Reformation. Die „Freiheit eines Christenmenschen“, die Martin Luther (1483-1546) propagiert, sehen sie als Bestätigung ihrer politischen Forderungen. Während allerdings Luther auf dem Standpunkt steht, dass weltliche Forderungen nicht mit der Bibel begründet werden können, leitet der Schweizer Reformator Ulrich Zwingli (1484-1531) aus ihr durchaus ein Widerstandsrecht ab.
Die „Zwölf Artikel“ von Memmingen, die Bauern Anfang März 1525 verfassen, gelten heute als eine der frühesten schriftlichen Forderungen nach Freiheits- und Menschenrechten in Europa. In diesem zentralen Manifest verlangen sie unter anderem die Abschaffung der Leibeigenschaft, die Reduktion der Fron, die Begrenzung von Abgaben – und das Recht, ihre Pfarrer selbst zu wählen. Dazu rufen die Bauern bedeutende Reformatoren als Schiedsrichter an. Martin Luther, Philipp Melanchthon oder Ulrich Zwingli sollen entscheiden, ob die Forderungen rechtmäßig sind.
Luther hat zwar zunächst Verständnis für die Bauern, ermahnt sie und die Fürsten allerdings zum Frieden. Nach dem „Weinsberger Blutostern“, als die Bauern Ritter durch Spießrutenlaufen töten, allerdings ruft er mit drastischen Worten zum Kampf gegen die Bauern auf: „Darum soll sie zerschmeißen, würgen und stechen, heimlich und öffentlich, wer da kann.“ Er stellt klar, dass seine Theologie kein Freibrief zum politischen Umsturz sei.
Der Theologe Thomas Müntzer (um 1489-1525) fordert in Mitteldeutschland das Ende der Adelsherrschaft und den Beginn einer neuen, gottgefälligen Ordnung. Nach seiner Überzeugung ist der Tag des Jüngsten Gerichts nahe, und die Frommen müssen die Gottlosen mit dem Schwert strafen. Er wirbt für die Reformation und verurteilt die schlechten Lebensbedingungen der Bauern.