Die Konföderation evangelischer Kirchen in Niedersachsen entstand 1971 und repräsentiert heute knapp 3,1 Millionen Protestanten. Zu ihr gehören die vier evangelisch-lutherischen Landeskirchen Braunschweig (rund 284.000 Mitglieder), Hannover (2,23 Millionen), Oldenburg (361.000) und Schaumburg-Lippe (44.300) sowie die Evangelisch-reformierte Kirche mit Sitz in Leer (155.000). Die fünf Kirchen vertreten in der Konföderation zusammen ihre Interessen gegenüber dem Land Niedersachsen und nehmen Gemeinschaftsaufgaben wahr.
An der Spitze der Konföderation steht ein Rat, in dem jeweils ein leitender Theologe aus einer der Mitgliedskirchen den Vorsitz führt. Zurzeit ist dies der oldenburgische Bischof Thomas Adomeit. Die Geschäftsstelle der Konföderation befindet sich in Hannover.
Einrichtungen der Konföderation sind die Evangelische Erwachsenenbildung, der Kirchliche Dienst in Polizei und Zoll sowie die Publizistik mit dem Evangelischen Kirchenfunk Niedersachsen-Bremen (ekn) und dem Verband Evangelischer Publizistik Niedersachsen-Bremen, in denen auch die Bremische Evangelische Kirche Mitglied ist. Bevollmächtigte vertreten die Konföderation beim Landtag und in Schulangelegenheiten.
Die Konföderation hat gemeinsame Gesetze über das Mitarbeiterrecht und die Mitarbeitervertretungen verabschiedet, außerdem eine Prüfungsordnung für Theologen. Fragen des Dienstrechts für kirchliche Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter regelt eine Arbeits- und Dienstrechtliche Kommission, paritätisch besetzt mit Vertretern von Arbeitnehmern und Dienststellen. Der Rechtshof der Konföderation ist ein eigenes kirchliches Verwaltungsgericht.