Gothart Magaard kam am 1. November 1955 in Flensburg als Sohn eines Theologenpaars zur Welt. Er studierte Theologie an der Kirchlichen Hochschule, an der Freien Universität Berlin und an der Universität Hamburg. Sein Vikariat absolvierte er von 1984 bis 1986 in der Kirchengemeinde Lübeck-Kücknitz.
1986 wurde er Pastor in Hamburg-Jenfeld, 1991 Theologischer Referent für Bildung im nordelbischen Kirchenamt. 1991 ging er als Studienleiter an das damalige Prediger- und Studienseminar Preetz zur Ausbildung des Theologennachwuchses, 1997 übernahm er als Direktor die Leitung. Zugleich war er Vizepräsident der nordelbischen Synode. 2005 kehrte Magaard zurück ins Kieler Kirchenamt und war bis 2009 Personaldezernent für die Pastoren.
Im Oktober 2009 übertrug ihm die Kirchenleitung die bischöflichen Aufgaben im Sprengel Schleswig und Holstein, da der gewählte Bischof Gerhard Ulrich als Vorsitzender der Kirchenleitung zentrale Aufgaben im Fusionsprozess zur Nordkirche übernommen hatte. Seit 1. Mai 2014 amtierte er als gewählter Bischof.
Der Sprengel Schleswig und Holstein ist mit 868.543 evangelischen Christinnen und Christen der größte in der Nordkirche. Zu ihm gehören die acht Kirchenkreise Altholstein, Dithmarschen, Nordfriesland, Ostholstein, Plön-Segeberg, Rantzau-Münsterdorf, Rendsburg-Eckernförde und Schleswig-Flensburg sowie die Nordschleswigsche Gemeinde in Dänemark mit insgesamt 328 Kirchengemeinden.
Magaard ist seit 1986 verheiratet mit einer Mathematik- und Physiklehrerin und Vater von vier Kindern. Sein Bruder, Friedemann Magaard, ist Pastor in Husum (Kreis Nordfriesland).