Das Schweizer Staatskirchenrecht weist gegenüber dem anderer Länder zahlreiche Eigenheiten auf. Seit jeher wurden zudem auf Kantonsebene regionale Lösungen entwickelt. Grundsätzlich räumen sie den Laien eine viele stärkere Mitbestimmung ein, als es das allgemeine Kirchenrecht vorsieht. Neben den Diözesen gibt es in fast allen Schweizer Kantonen im staatlichen Recht verankerte, demokratisch verfasste Körperschaften. Aus dieser Doppelstruktur erwachsen Spannungen.
Aus den Kommunen ausgelagerte, öffentlich-rechtliche sogenannte Kirchgemeinden setzen jeweils den lokalen Kirchensteuersatz fest und nehmen diese auch ein. Sie agieren unabhängig von der Diözesanleitung; und aus ihren Töpfen werden die Pfarreien und letztlich auch Teile des Bischofshaushalts finanziert. Dachorganisation der Landeskirchen ist die Römisch-Katholische Zentralkonferenz der Schweiz (RKZ).
Tatsache, dass die Kirchgemeinden und die kantonalen Körperschaften über die Kirchensteuern verfügen, verstärkt in der Schweiz die Neigung, hauptsächlich auf den eigenen Kirchturm zu schauen. Das erschwert die Finanzierung übergreifender pastoraler Vorhaben auf Bistums- und überdiözesaner Ebene.
Der Bischof muss sich mit den staatskirchenrechtlich verfassten Verwaltungsgremien aus engagierten Laienkatholiken wie “Landeskirche” oder “Kantonalkirche” in finanziellen Angelegenheiten einigen. Auch sonst hat er keine volle Kontrolle über die finanziellen Aktivitäten der Kirche. Sprich: Die Landeskirchen können mit Steuermitteln Aktivitäten unterstützen, die nicht im Sinne der Bischöfe sind; so etwa in den Bereichen Medienarbeit oder Lebensschutz/Frauenrechte.
Auch Unternehmen (als juristische Person) müssen in manchen Kantonen Kirchensteuer zahlen. Allerdings wird diese Bestimmung vermehrt infrage gestellt. Die nachlassende Kirchenbindung auch in der Schweiz könnte als eine Art Zeitbombe wirken; denn den Großteil der Kirchensteuer leisten schon jetzt Menschen, die Kirche eher distanziert gegenüberstehen.