Die Deutsche Islamkonferenz wurde 2006 vom damaligen Bundesinnenminister Wolfgang Schäuble (CDU) als Forum für den Dialog zwischen Staat und Muslimen ins Leben gerufen. Anders als mit der evangelischen und der katholischen Kirche sowie dem Zentralrat der Juden existierten bis dahin keine Verträge zwischen der muslimischen Gemeinschaft und dem Staat, die beispielsweise das Recht auf Religionsunterricht an Schulen, die Arbeit eigener Wohlfahrtsverbände oder den Einzug von Steuern für die Finanzierung von Gemeindearbeit regeln.
Die muslimischen Verbände sind vor allem aufgrund ihrer Organisationsform bis heute rechtlich den Kirchen nicht gleichgestellt. Inzwischen gibt es aber viele Vereinbarungen auf Bundes- und Länderebene, die etwa islamischen Religionsunterricht und Lehrstühle für islamische Theologie an deutschen Universitäten ermöglichen. Schwerpunkt der Islamkonferenz in der vergangenen Wahlperiode war die Etablierung einer Imam-Ausbildung in Deutschland.