Das Zisterzienserkloster Neuzelle wurde im 13. Jahrhundert von Heinrich dem Erlauchten (1215-1288), dem Markgrafen von Meißen, gestiftet. Die Gründungsurkunde für den damals Nova Cella genannten Ort wurde am 12. Oktober 1268 unterzeichnet. Die ursprünglich gotische Klosteranlage wurde ab 1650 im Stil des Barock überformt. Zwischen 1751 und 1753 entstanden die europaweit einmaligen Passionsdarstellungen des Klosters.
Mit der Neuordnung Europas infolge der Napoleonischen Kriege und des 1815 beendeten Wiener Kongresses fiel die Lausitz und damit auch Neuzelle an Preußen. Das Kloster wurde 1817 aufgelöst, die Mönche mussten die Anlage verlassen. Der Besitz wurde in ein preußisch-staatliches Stift überführt. Die 1735 fertiggestellte katholische Kreuzkirche wurde danach der evangelischen Kirche überlassen. Die barocke Stiftskirche St. Marien wurde auch nach 1817 weiter von der katholischen Kirche genutzt, seit 1946 ist sie Wallfahrtskirche des Bistums Görlitz.
Das Klostergelände gehört heute der 1996 gegründeten Stiftung Stift Neuzelle des Landes Brandenburg. Seit 2015 werden die Passionsdarstellungen in einem eigens dafür geschaffenen Museum präsentiert. 2018 wurde ein neues Zisterzienserpriorat mit mehreren Mönchen in Neuzelle gegründet.